자문위는 생명권 신설을 논의하면서 낙태 문제에 대해서도 논의했다. 생명권이 신설될 경우 태아의 생명권을 존중할 것인지, 임산부의 자기 결정권과 생명권을 더 우선시 해야 하는지 가치가 충돌하기 때문이다.

낙태 문제는 지난해 청와대 국민청원 홈페이지에 '낙태죄 폐지와 자연유산 유도약 도입이 필요하다'는 청원이 한달도 되지 않아 23만명을 넘어설 정도로 국민적 관심사가 높은 사안이다. 2012년 헌법재판소에서는 낙태를 금지하는 현행 모자보건법의 위헌여부를 두고 합헌과 위헌이 4대 4로 팽팽하게 맞서기도 했다.

자문위에서도 역시 '전면금지'와 '전면허용' '예외적허용'의 의견이 갈렸다. '전면적 금지'를 주장하는 위원들은 "헌법에 생명권을 신설하게 될 경우 태아는 생명권의 주체로서 인정되고 국가는 태아의 생명을 보호할 의무가 인정된다"고 주장했다. 반면 '전면적 허용'을 주장하는 위원들은 "태아의 생명권과 마찬가지로 임산부의 존엄과 가치를 구현하기 위한 자기결정권 및 생명권 또한 존중되어야 한다"고 맞섰다. 현행 '모자보건법'은 낙태를 원칙적으로 금지하되, 우생학적․유전학적 정신장애나 신체질환, 강간 또는 준강간에 의한 임신, 모체의 건강을 심각하게 해칠 우려 등의 사유가 있는 경우 예외적으로 허용하고 있다.

자문위는 헌법조항에 낙태문제를 명시하지는 않았다. 대신 "낙태문제, 배아를 이용한 학문연구 등은 정책결정 차원의 문제이므로 생명권 신설과 별개로 인정될 수 있다"며 "생명권을 명시할 경우 생명윤리 확립을 통해 과학기술정책 및 사회 발전의 계기가 될 수 있다"는 의견을 제시했다 . 낙태 금지와 허용에 대한 결론을 내리기 보다는 헌법조항에 생명권이 신설될 경우 이를 토대로한 사회발전의 계기가 될 수 있다는 취지의 의견을 내놓은 셈이다.

결국 낙태문제는 개헌특위보다는 정부와 청와대로 다시 공이 넘어갈 공산이 커졌다. 조국 청와대 민정수석 역시 낙태죄 폐지 청원에 대해 "임신중절 실태 조사를 실시, 현황과 사유에 대해 정확히 파악하겠다"며 사회 의견수렴에 나설 의사를 밝혔다.

조 수석은 "실태조사 재개와 헌재 위헌 심판 진행으로 사회적 논의가 이어질 것이라는 전망과 함께 입법부에서도 함께 고민할 것"이라며 "자연유산 유도약의 합법화 여부도 이런 사회적, 법적 논의 결과에 따라 결정될 것으로 기대한다"고 설명했다.